a) Faeces: Voor een goed mestonderzoek moet er van een groot aantal plekken in het hok mest verzameld worden. Na mengen van deze mest, kan er een betrouwbaar beeld verkregen worden van de aanwezigheid van parasieten. (Bij de aanwezigheid van jonge wormen, die nog geen eieren produceren, kunnen wij deze wormen in de mest nog niet aantonen!). Dit geldt vooral voor onderzoek op wormen en coccidiose. Bij onderzoek op paratyphus (Salmonella) moet op dezelfde manier mest verzameld worden, maar 3-4 dagen achtereen. Hierdoor wordt de kans op het aantreffen van Salmonella veel groter (Salmonella wordt vaak afwisselend in de mest afgescheiden, een aantal dagen wel en dan weer een aantal dagen niet).Mestonderzoek is aan te raden bij problemen, voor het kweken, voor en tijdens het vliegseizoen (iedere 4-6 weken). In het vliegseizoen is de kans op besmetting veel groter, door contact met andere duiven in de mand (vaak wisselende temperaturen). Ook worden er juist dan topprestaties van de duiven gevraagd. Aan het begin van de ruiperiode is mestonderzoek op Salmonella aan te bevelen, omdat in de ruiperiode vaak paratyphus uitbraken voorkomen.

b) Sectie: Wanneer er duiven onverwachts dood gaan, of als er aanwijzingen zijn voor een besmettelijke ziekte op het hok, kan het nuttig zijn om sectie te laten verrichten. Voor een betrouwbaar onderzoek, mag de duif nog niet lang dood zijn. Daarom moet de duif snel voor sectie aangeboden worden, of als dit vanwege omstandigheden niet lukt, de duif zolang gekoeld bewaren. Met behulp van het sectiebeeld en eventueel aanvullend laboratorium onderzoek is het vaak mogelijk een doodsoorzaak vast te stellen, zodat er eventueel maatregelen ter voorkoming van nieuwe gevallen genomen kunnen worden.